三明市万寿岩遗址博物馆是依托全国重点文物保护单位——万寿岩遗址而专门建立的一座专题博物馆，2006年11月建成并正式对外开放，是福建省唯一一处旧石器时代遗址博物馆。遗址博物馆馆舍占地面积5600平方米，建筑面积2500平方米，设计理念取自三明乡土建筑——土堡，平面布局为外方内圆。三明市万寿岩遗址博物馆展览主题为“海峡两岸的远古家园——三明万寿岩旧石器时代遗址”。主题陈列分为重大发现、沧桑巨变、洞天遗珍、闽台一脉、遗址保护五个单元，共展出藏品197件，主要展示万寿岩遗址历次考古发掘出土的石制品和哺乳动物化石，以及福建省的旧石器时代考古发现。