三元区基督教协会于1995年3月，经三明市三元区民政局批准成立的民间非营利组织，提供基督教专业服务的非营利性机构，业务主管单位是三元区民宗局。服务群体包括三元辖区合法登记的29间教堂、聚会点及约6000名基督教徒。坚持自治、自养、自传的三自原则，独立自主自办教会，团结全区所有信奉上帝、承认耶稣基督为主的基督徒，走爱国爱教、荣神益人的道路；在圣灵的引领下，同心合意，遵照圣经真理，制订和完善我区教会规章制度，办好教会，带领全区基督徒在促进经济社会发展中发挥积极作用。本会遵守宪法、法律、法规和国家政策。践行社会主义核心价值观，遵守社会道德风尚。业务范围如下：

1.在中国共产党和人民政府的领导下，团结全区基督徒，热爱社会主义祖国，遵守国家宪法、法律、法规与政策；积极参与新时代中国特色社会主义社会建设；

2.本会坚持基督教中国化方向，积极推进神学思想建设，从事基督教文化研究。

3.推进三元教会的神学教育，人才培训。根据《宗教事务条例》及相关规定认定、管理基督教教职人员。

4.积极开展社会服务事工。

5.介绍和组织交流全区各教会在传道、牧养和管理方面的经验，并对全区各教会进行教务上的指导；

6.根据《宗教事务条例》及相关规定制订教会规章，督促各教会贯彻执行；

7.制订教牧同工的工资、福利、退休等各项制度；积极开展友好交往

8.本会加强同全区各教会的联系，沟通情况，交流经验。研究及协商有关的问题，并为全区各教会提供指导与服务；全区各教会有遵守与履行本会决议的义务，本会对此应予监督。